Contoh struktur protein daripada PDB (dicipta dengan UCSF Chimera)

Pangkalan data PDB dikemas kini setiap minggu (UTC +0 setiap Rabu), bersama dengan senarai pegangannya.[15] Setakat 10 Januari 2023[kemas kini], PDB terdiri daripada:

Kaedah eksperimen	Protein sahaja	Protein dengan oligosakarida	Kompleks protein/ asid nukleik	Asid nukleik sahaja	Lain-lain	Oligosakarida sahaja	Jumlah
Kristalografi sinar-X	152277	8969	8027	2566	163	11	172013
NMR	12104	32	281	1433	31	6	13887
Krioelektron	9226	1633	2898	77	8	0	13842
Hibrid	189	7	6	12	0	1	215
Neutron	72	1	0	2	0	0	75
Lain-lain	32	0	0	1	0	4	309
Jumlah	173900	10642	11212	4091	202	22	200069

162,041 struktur dalam PDB mempunyai fail faktor struktur.11,242 struktur mempunyai fail sekatan NMR.5,774 struktur dalam PDB mempunyai fail anjakan kimia.13,388 struktur dalam PDB mempunyai fail peta 3DEM yang disimpan dalam Bank Data EM Kadar penentuan struktur protein mengikut kaedah dan tahun. MX: kristalografi makromolekul; 3DEM: mikroskopi elektron 3D.[16]

Kebanyakan struktur ditentukan oleh pembelauan sinar-X, tetapi kira-kira 7% daripada struktur ditentukan oleh NMR protein. Apabila menggunakan pembelauan sinar-X, anggaran koordinat atom protein diperoleh, manakala NMR pula menganggarkan jarak antara pasangan atom protein. Konformasi akhir protein diperoleh daripada NMR dengan menyelesaikan masalah geometri jarak. Sejak 2013, semakin banyak protein ditentukan oleh mikroskopi krioelektron.

Bagi struktur PDB yang ditentukan oleh pembelauan sinar-X yang mempunyai fail faktor struktur, peta ketumpatan elektronnya boleh dilihat. Data struktur tersebut boleh dilihat di ketiga-tiga laman web PDB.

Dari segi sejarah, bilangan struktur dalam PDB telah berkembang pada kadar yang agak eksponen, dengan 100 struktur berdaftar pada tahun 1982, 1,000 struktur pada 1993,[17] 10,000 pada tahun 1999, 100,000 pada tahun 2014, dan 200,000 pada Januari 2023.[18]